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李冬梅

姓名:李冬梅

职称:副教授

学科方向:计算化学和计算生物学

招生方向:药物化学

联系地址:天津市海河教育园区同砚路38号南开大学药学院,邮编300353

传真:022-23507760

电子邮箱dongmeili@nankai.edu.cn

教育背景与工作经历

李冬梅,女,副教授,硕士生导师。2005年7月获得四川大学生物工程专业学士学位;2011年7月获得中国科学院大连化学物理研究所物理化学专业博士学位,并于2008年10月至2010年10月到美国肯塔基大学药学院联合培养。2011年8月,到南开大学药学院工作。

研究方向:酶催化反应机理、蛋白质和小分子的相互作用机理、计算机辅助药物设计

化学反应和一些生物过程发生的速度相当快。传统的实验手段对化学反应和生物过程的每个步骤进行追踪几乎是不可能完成的任务。计算机是同传统的实验手段一样重要的工具,我们以计算机为工具来揭示化学和生物过程。通过计算机模拟,我们能更快地获得传统实验中难以观测到的结果。一方面,理论计算能够解释实验现象,对实验结果进行解释和补充;另一方面,理论计算也能阐明机理,预测实验现象,理论指导实践,避免盲目性。我们的理论计算主要包括酶催化反应机理、蛋白质和小分子的相互作用机理、计算机辅助药物设计等内容。在酶催化反应机理和基于机理的药物设计方面,我们研究了P450催化尼古丁的反应机理;研究了氟脒抑制PAD4的反应机理,并基于反应的过渡态结构筛选出了PAD4抑制剂。在蛋白质和小分子相互作用方面,我们研究了激动剂/拮抗剂诱导的GPCR(如CRF1R、GCGR)构象变化及活化机理,为合理设计GPCR靶向药物提供了理论和结构基础;研究了146-N-糖基对神经氨酸酶活性中心的影响。在计算机辅助药物设计方面,我们通过基于配体和基于受体的药物设计法,筛选出了几个PAR1抑制剂。

李冬梅先后承担国家自然科学基金青年科学基金项目1项、教育部高等学校博士学科点专项科研基金(新教师类)1项、天津市应用基础与前沿技术研究计划(青年项目)1项。

李冬梅讲授的课程为本科生必修课《物理化学》、本科生选修课和研究生必修课《计算机辅助药物设计》。

李冬梅入选了天津市“用三年时间引进千名以上高层次人才”。

代表性论文:

1. Yang Li, Jixue Sun, Dongmei Li*, Jianping Lin*, Activation and conformational dynamics of a class B G-protein-coupled glucagon receptor, Phys. Chem. Chem. Phys. 2016, 18: 12642 -12650.

2.  Pi Liu, Zhonghua Wang, Lijie Zhang, Dongmei Li*, Jianping Lin*, The mechanism by which 146-N-glycan affects the active site of neuraminidase, PLoS ONE 2015, 10: e0135487.

3. Junli Xu, Zhonghua Wang, Pi Liu*, Dongmei Li*, Jianping Lin*, An insight into antagonist binding and induced conformational dynamics of class B GPCR corticotropin-releasing factor receptor 1, Mol. BioSyst. 2015, 11, 2042-2050.

4. Zichen Xu, Lei Zhang*, Dongmei Li*, Xiyun Liu, Yuxia Wang, Jianping Lin, Binding of a Dy(III) complex to apoferritin inhibits iron mineralization, Polyhedron 2015, 92, 37-40.

5.  Dongmei Li*, Cui Liu, Jianping Lin*, Theoretical study of the mechanism of protein arginine deiminase 4 (PAD4) inhibition by F-amidine, J. Mol. Graph. Model. 2015, 55, 25-32.

6.  Feng Sang, Dongmei Li, Xiaolong Sun, Xianqiang Cao, Liang Wang, Jianlei Sun, Bingxia Sun, Lingling Wu, Guang Yang, Xiaoqian Chu, Jinghan Wang, Changming Dong, Yan Geng, Hong Jiang, Haibo Long, Sijia Chen, Guiyan Wang, Shuzhong Zhang, Quan Zhang, Yue Chen*, Total synthesis and determination of the absolute configuration of rakicidin A, J. Am. Chem. Soc. 2014, 136, 15787-15791.

7.  Dongmei Li*, Xiaoqin Huang, Jianping Lin, Chang-Guo Zhan*, Catalytic mechanism of cytochrome P450 for N-methylhydroxylation of nicotine: reaction pathways and regioselectivity of the enzymatic nicotine oxidation, Dalton Trans. 2013, 42, 3812-3820.

8. Hui Ye#, Ruihua Liu#, Dongmei Li#, Yonghui Liu, Haixin Yuan, Weikang Guo, Lifei Zhou, Xuefeng Cao, Hongqi Tian, Jie Shen*, Peng George Wang*, A safe and facile route to imidazole-1-sulfonyl azide as a diazotransfer reagent, Org. Lett. 2013, 15, 18-21 (#These authors contributed equally to this work).

9. Dongmei Li, Yong Wang, Keli Han*, Recent density functional theory model calculations of drug metabolism by cytochrome P450, Coord. Chem. Rev. 2012, 256, 1137-1150.

10. Dongmei Li, Xiaoqin Huang, Keli Han, Chang-Guo Zhan*, Catalytic mechanism of cytochrome P450 for 5’-hydroxylation of nicotine: fundamental reaction pathways and stereoselectivity, J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 7416-7427.

11.  Dongmei Li, Yong Wang, Keli Han*, Chang-Guo Zhan*, Fundamental reaction pathways for cytochrome P450-catalyzed 5’-hydroxylation and N-demethylation of nicotine. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 9023-9030.

12. Dongmei Li, Yong Wang, Chuanlu Yang, Keli Han*, Theoretical study of N-dealkylation of N-cyclopropyl-N-methylaniline catalyzed by cytochrome P450: insight into the origin of the regioselectivity, Dalton Trans. 2009, 291-297.


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